Szymon Zubek

Dane adresowe (address)

Zakład Taksonomii, Fitogeografii i Paleobotaniki (Department of Taxonomy, Phytogeography & Palaeobotany)
Pracownia Mikologii (Laboratory of Mycology)
Instytut Botaniki, Uniwersytet Jagielloński (Institute of Botany, Jagiellonian University)
ul. Lubicz 46, 31-512 Kraków
e-mail: szymon.zubek@uj.edu.pl
tel. (phone): (+48 12) 424 17 98

Edukacja, stopnie naukowe

  • 2013 – Doktor habilitowany nauk biologicznych, Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, Uniwersytet Jagielloński
  • 2007 – Doktor nauk biologicznych, WBiNoZ, UJ
  • 2002-2006 – Środowiskowe Studium Doktoranckie, WBiNoZ, UJ
  • 2000-2002 – Studium Pedagogiczne, UJ
  • 2002 – Magister biologii, WBiNoZ, UJ
  • 1997-2002 – Studia magisterskie, WBiNoZ, UJ

Zatrudnienie

  • Od 10.2009 – Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, Instytut Botaniki; adiunkt
  • 11.2006-09.2009 – Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum, Wydział Farmaceutyczny, Katedra i Zakład Botaniki Farmaceutycznej; asystent (11.2006-09.2007), adiunkt (10.2007-09.2009)

Tematyka badawcza

  • Ekologia grzybów mykoryzowych
  • Mikrobiologia gleby
  • Wpływ grzybów arbuskularnych na produkcję metabolitów wtórnych przez rośliny
  • Interakcje roślin inwazyjnych z mikroorganizmami glebowymi
  • Mykoryza arbuskularna, struktura zespołów mikroorganizmów i procesy glebowe w lasach klimatu umiarkowanego
  • Zastosowanie mikroorganizmów glebowych w aktywnej ochronie zagrożonych gatunków roślin

Krajowe projekty badawcze

  • Kierownik projektu pt. "Interakcje roślin inwazyjnych z mikroorganizmami glebowymi". Narodowe Centrum Nauki, nr proj. 2011/03/B/NZ8/00008 (2012-2016)
  • Główny wykonawca projektu pt. „Badania różnorodności morfologicznej i molekularnej arbuskularnych grzybów mikoryzowych (AGM) stanowisk wydmowych Słowińskiego Parku Narodowego i pochodzących z innych kolekcji oraz sukcesja AGM w polu deflacyjnym tego parku". Narodowe Centrum Nauki, nr proj. 2012/05/B/NZ8/00498 (2013-2016)
  • Kierownik projektu pt. "Wpływ grzybów arbuskularnych na przyrost biomasy, witalność oraz produkcję metabolitów wtórnych przez wybrane gatunki roślin leczniczych". Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, nr proj. N N304 381939 (2010-2013)
  • Kierownik projektu pt. „Endofity korzeniowe wybranych gatunków roślin zarodnikowych z Parku Narodowego Celaque w Hondurasie". Wydział Biologii i Nauk o Ziemi UJ, nr proj. WRBW/BiNoZ/IB/15/2010 (2010)
  • Kierownik projektu pt. „Znaczenie mikoryzy dla upraw wybranych gatunków roślin z kolekcji Ogrodu Roślin Leczniczych Wydziału Farmaceutycznego UJ Collegium Medicum i wartości terapeutycznej uzyskanych z nich surowców". Wydział Farmaceutyczny UJ CM, nr proj. K/ZBW/000242 (2008-2009)
  • Wykonawca projektu pt. „Roślinne kultury in vitro biotechnologicznym źródłem biologicznie czynnych metabolitów". Wydział Farmaceutyczny UJ CM, nr proj. 501/P/192/F (2007-2009)
  • Główny wykonawca projektu promotorskiego pt. „Mikoryza arbuskularna tatrzańskich roślin rzadkich i zagrożonych". Ministerstwo Edukacji i Nauki, nr proj. 2 P04G 00628 (2005-2006)

Międzynarodowe projekty badawcze i programy naukowe

  • Uczestnik programu Unii Europejskiej COST Action FP1305 BioLink "Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests" (od 2015)
  • Wykonawca programu realizowanego w ramach współpracy międzynarodowej Polska – RPA, realizowanej przez UJ oraz Materials Research Group, iThemba Labs, RPA. South African National Research Foundation (NRF), Komitet Badań Naukowych – Polish-South African cooperation research program (2001-2003)
  • Uczestnik programu Unii Europejskiej COST Action 8.38 "Managing arbuscular mycorrhizal fungi for improving soil quality and plant health in agriculture" (2000-2006)
  • Uczestnik programu Unii Europejskiej COST Action 631 "Understanding and modelling plant-soil interactions in the rhizosphere environment" (2000-2006)
  • Wykonawca projektu badawczego MYCOREM - EU Project "The use of mycorrhizal fungi in phytoremediation projects". Fifth Framework Programme, Life Sciences, QLR3-1999-00097 (2000-2002)

Wyjazdy szkoleniowo-badawcze

Staże naukowe: Materials Research Group, iThemba Labs, RPA (2001); Instytut Dendrologii PAN, Kórnik (2012); Instytut Włókien Naturalnych i Roślin Zielarskich, Poznań (2012)
Gruzja – wyprawa naukowo-eksploracyjna (2015)
Liczne wyjazdy badawcze obejmujące obszar Polski (od 2003)

Członkostwo i funkcje

Udział w komitetach organizacyjnych międzynarodowych konferencji naukowych

  • The meeting of COST Action FP1305 BioLink: Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests, 17-19 March 2015, Kraków, Poland
  • 7th International Symbiosis Society Congress "The earth's vast symbiosphere", 22-28 July 2012, Kraków, Poland
  • Plant-Microbial Interactions, 2-6 July 2008, Kraków, Poland

Recenzje dla czasopism naukowych z bazy Thomson Reuters Journal Citation Reports

  • Acta Biologica Cracoviensia Series Botanica
  • Acta Physiologiae Plantarum
  • American Fern Journal
  • Applied Soil Ecology
  • Aquatic Botany
  • FEMS Microbiology Letters
  • Fungal Ecology
  • Industrial Crops and Products
  • Journal of Plant Interactions
  • Journal of Plant Research
  • Journal of Soils and Sediments
  • Microbial Ecology
  • Molecular Plant-Microbe Interactions
  • Mycorrhiza
  • Pedosphere
  • Plant Biosystems
  • Plant Species Biology
  • PlosONE
  • Restoration Ecology
  • Revista de Biologia Tropical - International Journal of Tropical Biology and Conservation
  • Symbiosis

Udział w ewaluacji projektów badawczych

  • Recenzje wniosków zgłaszanych w ramach konkursu „Iuventus Plus" Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego (2016)
  • Recenzje wniosków zgłaszanych w ramach konkursu „Diamentowy Grant" Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego (2016)

Członkostwo w towarzystwach naukowych

  • Polskie Towarzystwo Mykologiczne (od 2011)
  • Polskie Towarzystwo Botaniczne (od 2002)

Członkostwo w komisjach programowych, egzaminacyjnych i oceniających efekty kształcenia

  • Członek komisji rekrutacyjnej na studia III stopnia (UJ, 2015-2016)
  • Przewodniczący komisji rekrutacyjnej na studia II stopnia kierunku biologia i geologia specjalność ochrona przyrody (UJ, 2014)
  • Członek zespołu ds. reformy programu kierunku biologia (UJ, 2014-2015)
  • Członek zespołu ds. oceny efektów kształcenia na kierunku biologia i geologia specjalność ochrona przyrody (UJ, 2013-2015)

Funkcje

  • Wicedyrektor Instytutu Botaniki UJ ds. naukowych (od 11.2016)
  • Kierownik Zakładu Taksonomii, Fitogeografii i Paleobotaniki IB UJ (od 10.2016)

Nagrody i wyróżnienia

  • Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wybitnych młodych naukowców (2013-2016)
  • Wyróżnienie za wysoką jakość pracy dydaktycznej w roku akademickim 2013/14, UJ (2015)
  • Nagroda zespołowa I stopnia Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego za szczególne osiągnięcia w pracy naukowej (2011)
  • Dyplom uznania za wybitną rozprawę doktorską, UJ (2007)
  • Stypendium Ministra Edukacji Narodowej za wysokie wyniki w nauce i szczególne osiągnięcia w pracy naukowej (2001/2002)
  • Stypendium Funduszu Uniwersytetu Jagiellońskiego im. Stanisława Estreichera za wysokie wyniki w nauce i szczególne osiągnięcia w pracy naukowej (2001/2002)

Dydaktyka

Prowadzenie kursów

  • Biologia grzybów (od 2016)
  • Różnorodność i ewolucja roślin, glonów i grzybów (od 2016)
  • Diversity and evolution of plants (od 2015)
  • Warsztaty botaniczne (od 2015)
  • Nowe osiągnięcia, odkrycia w botanice (od 2014)
  • Grzyby w biotechnologii i medycynie (od 2010)
  • Grzyby i porosty (od 2010)
  • Mikologia z elementami mikrobiologii (2011-2014)
  • Mikologia systematyczna (2009-2016)
  • Botanika systematyczna (2002-2006, 2010)
  • Botanika farmaceutyczna (2007-2009)
  • Znaczenie lecznicze i toksykologiczne grzybów wielkoowocnikowych (2008-2009)
  • Ekologia grzybów (2002-2006)
  • Ekologia mikoryz (2002-2006)
  • Obsługa programów komputerowych (2003)
  • Biomonitoring środowiska (2003-2004)

Opieka naukowa

  • Prace doktorskie - 3
  • Prace magisterskie - 10
  • Prace licencjackie - 6
  • Staże naukowe - 4

Wybrane publikacje (selected publications)

Majewska M.L., Rola K., Zubek S. 2016. The growth and phosphorus acquisition of invasive plants Rudbeckia laciniata and Solidago gigantea are enhanced by arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza, DOI: 10.1007/s00572-016-0729-9.

Stefanowicz A.M., Stanek M., Nobis M., Zubek S. 2017. Few effects of invasive plants Reynoutria japonica, Rudbeckia laciniata and Solidago gigantea on soil physical and chemical properties. Science of the Total Environment 574: 938–946.

Zubek S., Majewska M.L., Błaszkowski J., Stefanowicz A.M., Nobis M., Kapusta P. 2016. Invasive plants affect arbuscular mycorrhizal fungi abundance and species richness as well as the performance of native plants grown in invaded soils. Biology and Fertility of Soils 52: 841-852.

Stefanowicz A.M., Stanek M., Nobis M., Zubek S. 2016. Species-specific effects of plant invasions on activity, biomass, and composition of soil microbial communities. Biology and Fertility of Soils 52: 879-893.

Zubek S., Nobis M., Błaszkowski J., Nowak A., Majewska M., Bąba W. 2016. Arbuscular mycorrhiza and fungal root endophytes of weeds in an altitudinal gradient in the Pamir Alai Mountains of Central Asia. Plant Biosystems 150: 161-170.

Kowalczyk M., Sekuła A., Mleczko P., Olszowy Z., Kujawa A., Zubek S., Kupiec T. 2015. Practical aspects of genetic identification of hallucinogenic and other poisonous mushrooms for clinical and forensic purposes. Croatian Medical Journal 56: 32-40.

Majewska M.L., Błaszkowski J., Nobis M., Rola K., Nobis A., Łakomiec D., Czachura P., Zubek S. 2015. Root-inhabiting fungi in alien plant species in relation to invasion status and soil chemical properties. Symbiosis 65:101-115.

Zubek S., Rola K., Szewczyk A., Majewska M., Turnau K. 2015 Enhanced concentrations of elements and secondary metabolites in Viola tricolor L. induced by arbuscular mycorrhizal fungi. Plant and Soil 390: 129-142.

Nobis A., Błaszkowski J., Zubek S. 2015. Arbuscular mycorrhizal fungi associations of vascular plants confined to river valleys: towards understanding the river corridor plant distribution. Journal of Plant Research 128: 127-137.

Zubek S., Błaszkowski J., Seidler-Łożykowska K., Bąba W., Mleczko P. 2013. Arbuscular mycorrhizal fungi abundance, species richness and composition under the monocultures of five medicinal plants. Acta Scientiarum Polonorum Hortorum Cultus 12(5): 127-141.

Kołaczek P., Zubek S., Błaszkowski J., Mleczko P., Margielewski W. 2013. Erosion or plant succession – How to interpret the presence of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota) spores in pollen profiles collected from mires. Review of Palaeobotany and Palynology 189: 29-37.

Zubek S., Stefanowicz A.M., Błaszkowski J., Niklińska M., Seidler-Łożykowska K. 2012. Arbuscular mycorrhizal fungi and soil microbial communities under contrasting fertilization of three medicinal plants. Applied Soil Ecology 59: 106-115.

Zubek S. 2012. Czy symbiotyczne grzyby arbuskularne mogą sprzyjać inwazji roślin? (Can arbuscular mycorrhizal fungi facilitate plant invasions ?) Kosmos 61(4): 657-666 (in Polish with English summary).

Zubek S., Błaszkowski J., Buchwald W. 2012. Fungal root endophyte associations of medicinal plants. Nova Hedwigia 94(3-4): 525-540.

Ociepa A.M., Zubek S., Mleczko P. 2012. The fungal collection of the Jagiellonian University Herbarium (KRA), Kraków, Poland. Mycotaxon 120: 127-132.

Zubek S., Nobis M., Błaszkowski J., Mleczko P., Nowak A. 2011. Fungal root endophyte associations of plants endemic to the Pamir Alay Mountains of Central Asia. Symbiosis 54(3): 139-149.

Zubek S., Mielcarek S., Turnau K. 2011. Hypericin and pseudohypericin concentrations of a valuable medicinal plant Hypericum perforatum L. are enhanced by arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza 22(2): 149-156.

Seidler-Łożykowska K., Kędzia B., Kucharski W.A., Mordalski R., Karpińska E., Król D., Piechocka E., Przydatek E., Kowalaka J., Zubek S. 2011. Wprowadzenie roślin zielarskich do upraw ekologicznych. Wpływ zabiegów stosowanych w uprawie konwencjonalnej na liczebność propagul symbiotycznych grzybów arbuskularnych. W: Wyniki badań z zakresu rolnictwa ekologicznego w 2010 roku. Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Warszawa - Falenty, str. 31-39.

Zubek S., Błaszkowski J., Mleczko P. 2011. Arbuscular mycorrhizal and dark septate endophyte associations of medicinal plants. Acta Societatis Botanicorum Poloniae 80(4): 285-292.

Mleczko P., Kozak M., Zubek S. 2010. A new species in the mycobiota of Poland: Russula medulata Romagn. (Russulales, Basidiomycota). Polish Botanical Journal 55: 483-488.

Błaszkowski J., Czerniawska B., Kowalczyk S., Turnau K., Zubek S. 2010. Ambispora gerdemannii and Glomus badium, two species of arbuscular fungi (Glomeromycota) new for Europe and Poland, respectively. Acta Mycologica 45(1): 17-25.

Mleczko P., Zubek S., Kozak M. 2011. New Central European record of a rare hydnoid species Sarcodon leucopus (Pers.) Maas G. et Nannf. with the description of its ectomycorrhiza with spruce. Nova Hedvigia 92(1-2): 257-272.

Zubek S., Piątek K., Naks P., Heise W., Wayda M., Mleczko P. 2010. Fungal root endophyte colonization of ferns and lycophytes from Celaque National Park in Honduras. American Fern Journal 100(2): 126-136.

Zubek S., Stojakowska A., Anielska T., Turnau K. 2010. Arbuscular mycorrhizal fungi alter thymol derivative contents of Inula ensifolia L. Mycorrhiza 20:497-504.

Stojakowska A., Malarz J., Zubek S., Turnau K., Kisiel W. 2010. Terpenoids and phenolics from Inula ensifolia. Biochemical Systematics and Ecology 38: 232-235.

Piekoszewska A., Ekiert H., Zubek S. 2010. Arbutin production in Ruta graveolens L. and Hypericum perforatum L. in vitro cultures. Acta Physiologiae Plantarum 32: 223-229.

Zubek S., Błaszkowski J. 2009. Medicinal plants as hosts of arbuscular mycorrhizal fungi and dark septate endophytes. Phytochemistry Reviews 8: 571-580.

Zubek S., Błaszkowski J., Delimat A., Turnau K. 2009. Arbuscular mycorrhizal and dark septate endophyte colonisation along altitudinal gradients in the Tatra Mountains. Arctic Antarctic and Alpine Research 41(2): 272-279.

Zubek S., Turnau K., Tsimilli-Michael M., Strasser R.J. 2009. Response of endangered plant species to inoculation with arbuscular mycorrhizal fungi and soil bacteria. Mycorrhiza 19: 113-123.

Zubek S., Stojakowska A., Kisiel W., Góralska K., Turnau K. 2009. Interactions between mycorrhizal fungi and medicinal plants. In: Feldman F., Alford D.V., Furk C. (eds). Crop Plant Resistance to Biotic and Abiotic Factors. Pp. 124-129. ISBN 978-3-941261-05-1. Deutsche Phytomedizinische Gesellschaft, Braunschweig, Germany.

Zubek S. 2009. Charakterystyka grzybów arbuskularnych i ich praktyczne zastosowanie w uprawach roślin leczniczych (Arbuscular mycorrhizal fungi and their biotechnological potential to improve quality and quantity of cultivated medicinal plants). Rośliny Lecznicze w Polsce i na Świecie 1-2: 33-43. (in Polish with English summary)

Zubek S., Turnau K., Błaszkowski J. 2008. Arbuscular mycorrhiza of endemic and endangered plants from the Tatra Mts. Acta Societatis Botanicorum Poloniae 77(2): 149-156.

Błaszkowski J., Czerniawska B., Zubek S., Turnau K. 2008. Glomus intraradices and Pacispora robiginia, species of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomeromycota) new for Poland. Acta Mycologica 43(2): 121-132.

Turnau K., Orłowska E., Ryszka P., Zubek S., Anielska T., Gawroński S., Jurkiewicz A. 2006. Role of mycorrhizal fungi in phytoremediation and toxicity monitoring of heavy metal rich industrial wastes in Southern Poland. In: Twardowska I., Allen H.E., Häggblom M.H. (eds). Viable methods of soil and water pollution monitoring, protection and remediation. Pp. 533-552. ISBN-10 1-4020-4727-4 (PB). Springer, Dordrecht, The Netherlands.

Przybyłowicz W.J., Mesjasz-Przybyłowicz J., Migula P., Nakonieczny M., Augustyniak M., Tarnawska M., Turnau K., Ryszka P., Orłowska E., Zubek S., Głowacka E. 2005. Micro-PIXE in Ecophysiology. X-Ray Spectrometry 34: 285-289.

Zubek S., Turnau K., Błaszkowski J. 2005. Arbuscular mycorrhiza of plants from the Mountain Botanical Garden in Zakopane. Acta Mycologica 40(1): 25-41.

Orłowska E., Zubek S., Jurkiewicz A., Szarek-Łukaszewska G., Turnau K. 2002. Influence of restoration on arbuscular mycorrhiza of Biscutella laevigata L. (Brassicaceae) and Plantago lanceolata L. (Plantaginaceae) from calamine spoil mounds. Mycorrhiza 12: 153-160.

Zubek S. 2001. Zastosowanie mikroorganizmów glebowych do aktywnej ochrony roślin zielnych (The use of soil microorganisms in active protection of herbaceous plants). Wiadomości Botaniczne 45(3/4): 27-34. (in Polish with English summary)

Uczestnictwo w konferencjach naukowych

  • Belowground biodiversity and global change. The meeting of COST Action FP1305 BioLink: Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests, Průhonice, Czech Republic - 2016
  • 57 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Lublin – 2016
  • 8th Congress of International Symbiosis Society, Lisbon, Portugal - 2015
  • Belowground biodiversity in changing environment. The meeting of COST Action FP1305 BioLink: Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests, Kraków, Poland - 2015
  • Warsztaty Polskiego Towarzystwa Mykologicznego. Grzyby – organizmy kluczowe dla życia na Ziemi, Łódź-Spała - 2014
  • The First Interdisciplinary Symposium. Biogeography of the Carpathians: Evolution of Biodiversity in a Spatiotemporal Context, Kraków, Poland - 2013
  • 7th International Symbiosis Society Congress, Kraków, Poland - 2012
  • International Biological Conference on the Middle and Central Asia Biodiversity and its Conservation, Ostrava, Czech Republic - 2012
  • XXXVIII Zjazd Polskich Ogrodów Botanicznych pod patronatem Rady Ogrodów Botanicznych w Polsce połączony z konferencją pt. Gromadzenie i wykorzystanie kolekcji roślin użytkowych w kraju, Poznań - 2009
  • 6th International Symposium on Chromatography of Natural Products, Lublin, Poland - 2008
  • International Conference on Plant-Microbial Interactions, Kraków, Poland - 2008
  • Eurobiotech – Central European Congress of Life Sciences, Kraków, Poland - 2008
  • VIII Ogólnopolska Konferencja - Kultury in vitro w fizjologii roślin, Kraków - 2008
  • Eurobiotech – Biotechnology in Agriculture, Kraków - 2007
  • 54 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Szczecin - 2007
  • International Congress of Symbiosis Society, Viena, Austria - 2006
  • Understanding and modelling plant-soil interactions in the rhizosphere environment, COST Action 6.31 Final Meeting, Prague, Czech Republic - 2006
  • XVII Botanical Congress, Vienna, Austria - 2005
  • Understanding and modelling plant-soil interactions in the rhizosphere environment, COST Action 6.31, Kraków-Tomaszowice - 2005
  • Managing Arbuscular Mycorrhizal Fungi for Improving Soil Quality and Plant Health in Agriculture, COST Action 8.38, Granada, Spain - 2004
  • 53 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Toruń/Bydgoszcz - 2004
  • 4th International Conference on Mycorrhizas, Montreal, Canada - 2003
  • 52 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Poznań - 2001
  • 15th International Symposium on Environmental Biogeochemistry – Biogeochemical Process and Cycling of Elements in the Environment, Wrocław, Poland - 2001